Cho dù được thiết kế để hoạt động trên tàu sân bay, khi nó được đưa ra sử dụng vào tháng 9 năm 1944, chỉ còn lại ít tàu sân bay cho nó hoạt động, nên đa số phải hoạt động từ đất liền. Tốc độ của nó được minh họa bằng một bức điện nổi tiếng sau đây được gửi đi sau một phi vụ thành công: "Không có chiếc Grumman nào bắt kịp tôi." ("我に追いつくグラマンなし").

Có tổng cộng 379 chiếc được sản xuất.[5] Một nguyên mẫu đơn áp dụng bộ turbo tăng áp và bộ cánh quạt bốn cánh do Yokosuka thực hiện trở thành một phiên bản gọi là C6N2 Saiun-kai. Một phiên bản tiêm kích bay đêm C6N1-S với một khẩu pháo 30 mm (hoặc hai khẩu 20 mm) bắn chéo lên trên (cấu hình Schräge Musik), và một phiên bản máy bay ném ngư lôi C6N1-B cũng được phát triển. Chiếc C6N1-B được phát triển bởi Nakajima trở nên không còn cần thiết sau khi những chiếc tàu sân bay của Nhật Bản bị tiêu diệt. Khi những chiếc máy bay ném bom Đồng minh tiến đến các đảo Nhật chính quốc, nảy sinh nhu cầu cần có một kiểu tiêm kích bay đêm hàng đầu. Điều này đưa đến việc Nakajima phát triển chiếc C6N1-S bằng cách thay thế quan sát viên bằng hai khẩu pháo 20 mm. Hiệu quả của chiếc C6N1-S bị ngăn trở do thiếu hụt radar không đối không, cho dù nó đủ nhanh để hầu như không bị các máy bay tiêm kích Đồng Minh đánh chặn.

Mặc dù có tốc độ và tính năng bay cao, chiếc C6N1 lại là chiếc máy bay cuối cùng bị bắn rơi trong Thế Chiến II. Chỉ năm phút sau đó, chiến tranh kết thúc và mọi máy bay Nhật phải nằm lại trên mặt đất.[5]